C'est l'art du combat et le dernier des arts majeurs du ninja. Il existe 2 types de Taijutsu. Le premier le Taijutsu de "base", consiste en des attaques à mains nues et de techniques du maniement su corps. Il regroupe la lutte, les projections, les immobilisations et les fractures, les chutes et les roulades, ect... Certains ninjas comme Lee ou Gai en font une spécialité (cela cache souvent des faiblesses dans les autres arts). Le second, le Daken-Taijutsu, est le Taijutsu le plus puissant de Konoha. Il permet en effet de viser les points vitaux du corps humain en s'attaquant aux méridiens du chakra. Ces méridiens étant invisible à l'oeil nu, seul les membres du clan Hyuuga, détenteur du Byakugan, peuvent le pratiquer...
Le Dojutsu ou l'art d'utiliser les pupilles. Certains clans, comme les Uchiwa ou les Hyuuga possèdent des pouvoirs héréditaires liés aux yeux. C'est le Dojutsu. Ainsi, les Uchiwa et leur Sharingan peuvent copier les techniques et anticiper les attaques, alors que les Hyuuga et leur Byakugan peuvent voir la circulation du chakra et possèdent un champ de vision à 360 degrès.
Le Genjutsu fait également partie des 3 arts majeurs d'un ninja. Il lui permet de créer des illusions pour ainsi tromper l'ennemi ou affecter son mental en faisant apparaître des images de mort par exemple. Pratiqué à un haut niveau, le genjutsu permet d'agir sur le cerveau de l'adversaire et ainsi le paralyser. Itachi est un expert en Genjutsu.
Art ninja par référence autrefois utilisés par les anciens ninjas. Il est composé de techniques offensives et défensives et permet de contrôler les éléments. C'est l'un des 3 arts majeurs et chaque ninja se doit de le maîtriser.
